จุดเริ่มต้นกับทีมเยาวชน รุด ฟาน นิสเตลรอย เริ่มต้นเล่นฟุตบอลตั้งแต่วัยเด็กกับทีมท้องถิ่นในประเทศเนเธอร์แลนด์ ก่อนจะเข้าสู่ระบบเยาวชนของ ฮีเรนวีน ซึ่งเป็นจุดเริ่มต้นของเส้นทางฟุตบอลอาชีพอย่างแท้จริง

ก้าวแรกสู่ฟุตบอลอาชีพ ในปี 1993 รุด ฟาน นิสเตลรอย ได้โอกาสลงเล่นกับทีมชุดใหญ่ของฮีเรนวีน และเริ่มแสดงให้เห็นถึงสัญชาตญาณกองหน้าที่โดดเด่น ด้วยการทำประตูอย่างสม่ำเสมอจนชื่อของเขาเริ่มเป็นที่จับตามองในวงการฟุตบอลดัตช์